Le synode national a charge de gouverner l’Eglise Réformée de France et de la représenter, de formuler sa Confession de foi, sa liturgie et ses textes constitutionnels. Réuni au moins une fois par an, il veille à la mission de l’Eglise et administre l’union nationale. Il exprime ses convictions sur les sujets inscrits à son ordre du jour ou sur les vœux déposés par ses membres.
Ses membres à voix délibérative (actuellement 92) sont élus par les 8 Synodes régionaux. Des membres à voix consultative représentent les œuvres, mouvements, institutions et équipes liés à l’Eglise Réformée.